民國七十七年初，在淡水都市計畫文小(一)學校預定地，新設淡水鎮第十二所國民小學，以解決淡水鎮內學童教育問題。

民國七十八年八月一日，台灣省政府教育廳核淮淡水鎮第十二所國民小學正式成立為「台北縣淡水鎮鄧公國民小學 」，本校正式誕生，王忠信校長調派為本校首任校長。

民國七十九年一月一十三日，新建校舍舉行奠基典禮。

民國八十年八月，正式招收學生上課，於八十年八月二十九日正式辦理由淡水國民小學學生轉撥工作，自八十學年度正式上課。

民國八十六年八月--張榮輝校長調派為第二任校長。

民國九十四年八月--李永霑校長甄選為第三任校長。

民國一百零一年八月--張榮輝校長調派為第四任校長。

民國一百零四年八月--謝芳儒校長調派為第五任校長。

民國一百一十二年八月--顏顯權校長調派為第六任校長。